Die Äbtissin Elisabeth von Zürich und Leutpriester Rudolf der Kirche in Altdorf setzten am 9. Juni 1284 urkundlich fest, dass diese Kirche infolge Schenkung des verstorbenen Konstanzer Bischofs und nachheriger päpstlicher Bestätigung an den Tisch der Äbtissin und ihres Konvents gehört mit der Einschränkung, dass dem Priester, dem die Seelsorge (spiritualia) übertragen wird, ein angemessener Unterhalt von den Einkünften der Kirche vorzubehalten ist. Zur Pfründe des Leutpriesters gehörten auch der Zehnte von Gerste und anderen Hülsenfrüchten in Vluolon und Grônon.

1360 ist erstmals eine Kapelle in Flüelen urkundlich belegt. Die kleine Siedlung Flüelen bildete damals einen Teil der Erzpfarrei Altdorf, zu der auch die Nachbargemeinden Seedorf, Isenthal, Seelisberg und Siskon gehörten. Am 15. Oktober 1503 stifteten die Dorfleute in der Jörgenkapelle eine ewige Messe. Gleichzeitig stellte man die Ordnung betreffend deren Bestellung, der Messverpflichtungen des Kaplans, der Opfer, der Seelgeräte, Zehnten und Seelsorge.

Als erster Kaplan wird Othmar Üttiner angeführt. Am 6. Oktober 1520 wurde die Kapelle vom konstanzlichen Suffragan Melchior als Filiale von Altdorf zur Ehre der hl. Jungfrau Maria mit drei Altären geweiht. Der Choraltar war Peter und Paul, Georg und Nikolaus, sowie den drei Königen geweiht. Der Altar rechts Antonius, Johannes dem Evangelisten, Kosmas und Damianus, Magnus und Agatha; der Altar links den vierzehn Nothelfern, Wolfgang, Rochus, Verena und Appollonia. Die damalige Kirchweihe wurde auf den Sonntag nach der Himmelfahrt des Herrn festgesetzt. Am 29. Januar 1537 stifteten

Kapellpfleger und Kirchgenossen zu Flüelen wiederum eine ewige Messe in der Kapelle.
1605 wurde den Flüelern eingeschärft, dass sie die Osterpflicht allein und einzig in der Mutterkirche zu Altdorf zu erfüllen hatten. 1623 wurde zu Ehren der Heiligen Georg und Nikolaus, der Patrone gegen alle Gefahren zu Wasser und zu Land, am 6. Oktober eine Bruderschaft kanonisch errichtet.

Im 17. Jahrhundert erhielten die Dorfleute von der Landsgemeinde das Recht der Bürgeraufnahme. Damit war der Grundstein zur Finanzierung des Kirchenbaus gelegt, indem die Eingebürgerten hohe Summen an den Kirchenbau beisteuern mussten. Zu dreieinhalb Gulden "für die Klafter Mauer" baute Meister Butschert die Kirche St. Georg und Nikolaus. Man sandte ein Rundschreiben an die eidgenössischen Orte, um Beiträge an Schild und Fenster für die Kirche zu erbitten. Der Stand Obwalden war dem Dorf am Urnersee besonders freundeidgenössisch gesinnt, denn er bestreitet zwei Drittel der Kosten. Die Kirche wurde am 16. November 1664 durch Nuntius Friedrich Borromäus feierlich eingeweiht.

Am 31. März 1665 wurde die Abkurung von Altdorf vollzogen. Gründe hierfür waren der weite Weg, der rauhe Pfad, die heftigen Winde, Sturm und Schnee und bissige Kälte. Die Flüeler klagten, dass Kinder auf dem Weg zur Taufe schon gestorben seien und dass bei Begräbnissen, Siebentem und Dreissigstem von Andacht oft keine Rede mehr sein konnte. Flüelen zählte damals 272 Einwohner. Im Abkurungsdokument wurde den Kirchgenossen auferlegt, dass sie Altdorfs Kilchherr alljährlich für die Predigt einzuladen haben. Weiter hatte Flüelen alljährlich die Abgeltung von 40 Gulden zu entrichten. Bei Nichtzahlung dieser Summe wäre der ganze Abkurungsvertrag dahingefallen. Als Zeichen der frühen Abhängigkeit von der Mutterkirche verpflichtete man sich zu einer Wallfahrt nach Altdorf, die jeweilen auf den Mittwoch vor Himmelfahrt stattfand.

Vier Jahre nach der Abkurung erhielt Flüelen noch einen Pfarrhelfer. 1686 wurde das geräumige Pfrundhaus erbaut. Aufgrund einer Mahnung zogen es die Flüeler im Jahre 1713 vor, durch eine Abgeltzahlung von 800 Gulden des jährlichen Beitrags fortan ledig und los zu werden.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde das Problem einer neuen Kirche immer brennender. Die Dorfkirche war zu klein geworden, sie stand in lärmiger Umgebung (Verkehr) und der Verwesungsfortgang auf dem Friedhof führte zu peinlichen Erscheinungen. Am 19. Mai 1901 wurde eine Baukommission gebildet. Es entfachte ein sehr heftiger Streit über den Standort der Kirche (Neubau neben der alten Kirche, Areal im Schloss Rudenz, Matte des JJ. Walker, unterer oder oberer Grundbühl). Ein eingesetztes Schiedsgericht kam zur Überzeugung, dass der obere Grundbühl der geeignetste Bauplatz für eine Kirche sei. Zur Finanzierung der neuen Kirche erhielt Flüelen die Erlaubnis, zwei Lotterien durchzuführen (1903/04, 1909). Flüelen übergab am 19. August 1909 dem Architekten Paul Siegwart, Aarau, den Bauauftrag. Am 21. August 1910 folgte die Grundsteinlegung, am 3. Dezember 1911 die Glockenweihe und am 6. August 1912 die feierliche Konsekration durch Bischof Georgius Schmid von Grüneck.